PCR vs Test rapide - méthodes complémentaires ou concurrentes ?

Une interview exclusive avec le Dr. Patrick Mester, chef de groupe au laboratoire Christian-Doppler pour la surveillance des contaminants microbiologiques

Franzisca Gartenmann, responsable marketing chez NEMIS Technologies:

Bonjour Patrick, c'est un plaisir de vous parler ! Dans le cadre de votre travail au Laboratoire Christian-Doppler, vous avez fait un travail considérable avec la méthode PCR. Pouvez-vous m'en dire plus sur votre dernier projet ?

Dans le cadre de mon travail à l'Institut Christian Doppler, nous avons mené un projet pour une grande entreprise autrichienne où nous avons remplacé l'ensemble des diagnostics de leur solution existante d'immunoessais par un nouveau système PCR. Cela leur a permis de gagner un temps précieux et de réduire de 60 % leurs coûts initiaux, qui s'élevaient à environ un million d'euros. Ce changement a exigé une formation de haute intensité et une phase d'assistance étendue. Entre-temps, plus de 100 000 échantillons ont été analysés et une grande expertise de ce nouveau système a été acquise. La méthode PCR est compatissante mais très coûteuse, ce qui a toujours constitué un inconvénient important. Dans le cadre de ce projet, nous avons analysé en détail les données de l'entreprise de ces dernières années, et il est rapidement apparu qu'une grande partie des échantillons était négative. Il faut imaginer qu'ils examinent environ 20.000 - 30.000 échantillons par an. Parmi ces échantillons, 95 à 99 % sont exempts de listeria pathogène.

Par conséquent, nous avons mis au point un système dans lequel dix échantillons sont combinés, c'est-à-dire regroupés, afin d'exclure la plupart des échantillons au bout d'un jour. Toutefois, en cas de résultat positif, on perd du temps par rapport au concept initial. Dans ce cas, les dix échantillons groupés doivent être testés à nouveau individuellement pour déterminer où se trouve la contamination. Les échantillons positifs sont envoyés à un laboratoire externe pour obtenir l'isolat. Il est crucial de comprendre si le même germe domestique est apparu à plusieurs reprises pendant des années et n'a pas encore pu être éliminé de l'environnement de production ou si une nouvelle souche a été introduite. Mais si 99 % des échantillons sont négatifs, vous pouvez économiser beaucoup de temps et d'argent. Avec l'ancien système, il fallait au moins deux jours pour obtenir un résultat négatif. Avec le nouveau système, nous en sommes maintenant à un jour. Nous avons énormément réduit les coûts grâce à la mise en commun, même avec les examens de suivi, qui sont plus chers en soi. La PCR est encore très critiquée pour les coûts associés, car les réactions isolées sont toujours coûteuses. En général, un seul test coûte 8 à 10 euros, ce qui ne comprend que les coûts du matériel et non ceux du laboratoire. Avec le regroupement, cependant, vous diminuez cette valeur, car vous testez dix échantillons simultanément.

Patrick, vous avez non seulement de l'expérience avec la méthode PCR, mais vous avez également effectué quelques tests avec nos molécules AquaSpark^TM. Quelles expériences avez-vous réalisées ?

Nous avons beaucoup d'expérience dans l'industrie alimentaire et nous recherchons des méthodes permettant de concentrer rapidement les bactéries des aliments, c'est-à-dire de les isoler. L'objectif est de se concentrer sur les bactéries d'un produit laitier tel que le lait et de réduire le volume global d'enrichissement nécessaire. Nous avons expérimenté l'AquaSpark^TM et avons été heureux de constater une maigre limite de détection d'une seule UFC (Unité de Formation de Colonie) avec cette méthode. Cela nous motive à analyser davantage cette approche. Nous prévoyons de publier les résultats une fois l'étude terminée.

Vous avez de l'expérience avec la PCR et les méthodes plus récentes. Pensez-vous que la PCR et les méthodes alternatives comme nos tests N-Light^TM sont complémentaires ou concurrentes ?

Elles peuvent être aussi bien complémentaires que concurrentes. La PCR ne fonctionne que si l'entreprise possède son propre laboratoire, c'est-à-dire que la méthode n'est intéressante que pour une taille d'entreprise spécifique. Cela ne s'applique qu'à une fraction des entreprises. Les petites, et parfois même les moyennes entreprises, ne peuvent pas se le permettre. Dans ce cas, il n'y a pas de situation concurrentielle. À mon avis, c'est l'avantage significatif de votre méthode, car les tests peuvent être réalisés sur place, sans infrastructure de laboratoire existante. Même si plusieurs startups tentent aujourd'hui d'optimiser la PCR pour une détection rapide sur site, je suis sceptique. Bien sûr, il est difficile de se prononcer. Pour moi, votre test est optimal pour les petites et moyennes entreprises qui, autrement, ne seraient pas en mesure d'effectuer une surveillance environnementale approfondie. Il y a là beaucoup de potentiel. Mais il crée également une valeur ajoutée pour les grandes entreprises, car la PCR et N-Light^TM se combinent bien. La PCR vous indique si des bactéries sont présentes ou non. Votre test vous indique si des bactéries vivantes sont présentes ou non. L'approche complémentaire serait également bénéfique pour les tests de contrôle, car vous pouvez rééchantillonner un échantillon positif généré par la PCR de manière relativement rapide et flexible avec le système N-Light^TM pour identifier rapidement le point critique. Ainsi, le temps et les coûts pourraient être réduits encore davantage.

Patrick Mester est actuellement chef de groupe au Laboratoire Christian-Doppler pour la surveillance des contaminants microbiens à Vienne, en Autriche. Originaire d'Allemagne, Patrick est diplômé en microbiologie et en biologie moléculaire de l'université de Brême. Il a fait des recherches et développé des outils et des méthodes de diagnostic pour les pathogènes bactériens pendant plus de dix ans à l'université de médecine vétérinaire de Vienne. Dans son poste actuel, il étudie le rôle des bactéries viables mais non cultivables dans les contaminations bactériennes persistantes et les mesures de contrôle et d'intervention possibles.